Un `` supermutt '' révèle son identité secrète

La meilleure façon d'obtenir un chien, en général, est d'en sauver un. Cela signifie souvent adopter un cabot, dont les joies sont trop nombreuses pour être énumérées. Pourtant, de nombreux cabots ont également des origines floues, cachant potentiellement des besoins liés à la race, des caprices ou des risques pour la santé dans leur ADN.

Il y a cinq ans, j'ai écrit sur deux tests ADN pour chiens que j'ai achetés pour mon cabot de sauvetage, Otis. Les résultats étaient intéressants et divertissants, même si un peu de lumière sur la valeur pratique. Je les ai pris avec un grain de sel, mais j'étais content d'avoir au moins un petit aperçu.

Comme je l'ai mentionné à l'époque, les tests commerciaux d'ADN de chien étaient encore relativement nouveaux en 2012. Je voulais éventuellement écrire un suivi de ce blog, puis une startup basée au Texas, Embark, m'a contacté pour revoir son nouveau tester.

Mon post précédent présentait des tests vendus par BioPet Vet et Wisdom Panel, mais je ne les revois pas ici. BioPet Vet n'est plus sur le marché, et bien que Wisdom Panel ait une version plus récente, j'étais réticent à payer à nouveau pour un test qui ne serait peut-être que légèrement différent de ce qu'Otis avait déjà fait. Et franchement, je n'aurais peut-être pas encore essayé Embark s'ils ne m'avaient pas envoyé un test gratuit. Je pense que c'est une bonne affaire avec le recul - oui, même à 200 $ - mais comme je l'expliquerai ci-dessous, cela dépend de ce que vous recherchez.

Un cabot difficile à casser

Otis comme un chiot. (Photo: Russell McLendon)

Tout d'abord, permettez-moi de présenter brièvement Otis. Nous l'avons adopté du refuge en 2010 comme un "mélange de husky" vieux de plusieurs mois. Nous avons vu peu de raisons de douter de cela à l'époque, car il était un chiot et avait déjà quelques notes d'enrouement comme une queue touffue et bouclée.

Nous ne nous soucions pas vraiment non plus du maquillage exact de la race. Notre curiosité grandit cependant avec le vieillissement d'Otis, car ce prétendu husky resta assez petit. Étant donné la quantité d'exercice dont un husky aurait besoin par rapport à de nombreuses autres races, nous avons décidé de creuser plus profondément.

Je ne m'attarderai pas sur ces résultats antérieurs, mais il suffit de dire qu'ils ne correspondent pas exactement. Aucun de ces tests n'a rapporté d'héritage husky, et la seule race répertoriée par les deux était le carlin. BioPet Vet a également répertorié Pékinois, beagle et bouledogue, tandis que Wisdom Panel avait un arbre généalogique plus détaillé qui comprenait le chien de bétail australien, le chow chow et le corgi.

Il y a quelques mois, Embark m'a contacté sur Twitter pour me demander si je serais intéressé à essayer leur test sur Otis. J'ai dit que oui, alors ils m'ont envoyé un kit gratuit.

Qu'est-ce que Embark?

Otis s'enfonce dans les tests ADN. (Photo: Russell McLendon)

Embark a été fondée par deux frères, Ryan et Adam Boyko, qui ont grandi avec des chiens de sauvetage. Ryan est informaticien et Adam est professeur de sciences biomédicales à l'Université Cornell, où il se concentre sur l'étude génomique des chiens. Ils ont fondé Embark en 2015 et lancé son premier produit en mai 2016.

"Une chose que nous avons trouvée dans notre recherche est que beaucoup de gens voulaient que leur chien participe aux études", a expliqué Adam Boyko à Site. "Parce qu'ils pensaient que c'était cool et qu'ils voulaient contribuer à la recherche, mais aussi parce qu'ils voulaient en savoir plus sur leur propre chien personnel. Comme nous le faisions de plus en plus, nous avons commencé le brainstorming et avons eu l'idée de faire faire des recherches sur les tests ADN pour les chiens des gens, ce qui est très différent des tests ADN ponctuels. Cette méthode est plus petite et moins chère, mais moins complète et ne fait pas avancer la science du tout. "

L'embarquement est un produit commercial, mais il est né d'une quête scientifique: l'identification de marqueurs génétiques pour les maladies chez les chiens, qui pourraient à terme bénéficier à la fois à la santé canine et humaine. Et en s'approvisionnant en ADN auprès des foules pour révéler leur mélange de races, Embark peut satisfaire la curiosité de ses clients tout en collectant des données de santé en masse. Il est similaire au modèle "génomique récréative" de 23andMe, mais pour les chiens.

"Nous sommes là pour rendre les chiens en meilleure santé", dit Boyko, "et un ajout intéressant à cela est que nous sommes en mesure d'examiner des choses comme l'ascendance."

Histoire de l'écouvillon

Quoi qu'il en soit, Otis est un chien de canot de sang. (Photo: Russell McLendon)

Lorsque le kit Embark est arrivé par la poste, il décrivait un processus familier: écouvillonner les cellules des joues - et inévitablement baveuses - de la bouche d'Otis, sécuriser l'écouvillon dans un conteneur, l'expédier pour analyse. (Le kit propose des instructions plus détaillées, que vous pouvez voir dans cette vidéo.) Contrairement aux tests précédents, on m'a également dit de créer un compte en ligne.

C'était quelques semaines avant que les résultats ne soient prêts. Quand ils sont finalement arrivés, je n'ai pas simplement reçu un seul document par courrier postal ou par courrier électronique - je me suis connecté à mon compte Embark et je me suis retrouvé plongé dans des informations présentées de manière colorée.

Avec ce compte, je peux vérifier au fil du temps car la recherche révèle de nouvelles perspectives pertinentes pour Otis. Embark m'informera également lorsque de nouvelles fonctionnalités et de nouveaux résultats seront disponibles. Et en attendant, il existe un lien public pour partager les résultats d'Otis. Embark propose des paramètres de confidentialité distincts pour les données sur la race, la santé et les traits, mais je viens de rendre publiques toutes les informations d'Otis. (Désolé, mon pote!) Vous pouvez voir son profil Embark complet ici.

Race entre les lignées

Voici la répartition initiale de la race. Il comprend un certain chevauchement avec Wisdom Panel, à savoir le carlin, le chow et le chien de bétail australien. Le pourcentage le plus élevé, cependant, va à "supermutt", qui est la façon dont Embark reconnaît l'ambiguïté génétique:

Mis à part «supermutt», les meilleurs résultats de race pour Otis sont le laboratoire, le carlin et le chow. (Image: embarquer)

"Certains chiens descendent d'autres chiens qui étaient eux-mêmes de race mixte", explique le site Web d'Embark à propos de l'étiquette supermutt. "Ces autres chiens peuvent apporter une petite contribution à l'ascendance de votre chien, si petits qu'ils ne sont plus reconnaissables comme une race en particulier."

Pourtant, comme vous pouvez le voir ci-dessus, il y avait suffisamment d'indices pour identifier trois membres possibles de la partie supermutt: basset hound, Boston terrier et coonhound. "En regardant en arrière à travers les trois dernières générations, nous pouvons voir que ce n'est pas un arrière-grand-parent à part entière", dit Boyko, "mais nous voyons certainement des marqueurs d'une race, alors nous y mettons cela." La plupart des chiens n'ont qu'un faible pourcentage de supermutt, ajoute-t-il.

Aboyer l'arbre généalogique

Comme Wisdom Panel, Embark a également tracé un arbre généalogique avec plus de détails sur les racines supermutt d'Otis. Ce n'est pas sa seule filiation possible, mais Embark dit que "nos algorithmes prédisent que c'est l'arbre généalogique le plus susceptible d'expliquer le mélange de races d'Otis."

Un arbre généalogique possible pour Otis, gracieuseté d'Embark. (Image: embarquer)

Malgré les différences évidentes, cet arbre généalogique présente des similitudes surprenantes avec celui de Wisdom Panel. Non seulement les deux incluent le carlin et le chow dans l'ascendance d'Otis, par exemple, mais les deux présentent un mélange de carlin et un mélange de chow en tant que grands-parents probables. Le chien de bétail australien apparaît également sur les deux, bien que grand-parent à part entière dans Wisdom Panel et seulement partie d'un arrière-grand-parent à Embark.

Cela pourrait simplement être le pouvoir de la suggestion, mais je peux voir des indices de toutes ces races à Otis. Il a la queue, le torse et l'appétit d'un carlin, l'athlétisme d'un retriever ou d'un boxeur, et peut-être même un peu d'indépendance de chow. Et compte tenu de la façon dont il me garde autour de la maison au moment des repas ou à pied, je ne doute certainement pas du chien de bétail.

Creuser dans l'ADN

Comme Otis peut en témoigner, il n'est pas facile d'arrêter de creuser une fois que vous avez commencé. (Photo: Russell McLendon)

Les clés d'un test comme Embark sont des marqueurs génétiques, qui peuvent révéler la base génétique de traits hérités allant de la couleur des cheveux aux risques pour la santé. Les chercheurs utilisent un outil appelé microréseau d'ADN pour trouver des variations génétiques parmi les individus, y compris des polymorphismes mononucléotidiques (SNP, prononcés "snips").

Les premiers tests de race reposaient sur seulement 30 ou 40 marqueurs, ce qui les rend inutiles pour de nombreux chiens, mais ils sont devenus plus précis ces derniers temps. Wisdom Panel compte désormais près de 2 000 marqueurs, tandis qu'Embark en utilise plus de 200 000 sur la base de ses propres recherches internes. "À ma connaissance, nous n'utilisons aucun des mêmes marqueurs", explique Boyko, ajoutant que les algorithmes des entreprises sont également "totalement différents".

Mais la quantité de marqueurs n'est pas tout, note Urs Giger, responsable du programme clinique en génétique vétérinaire à l'Université de Pennsylvanie. La précision d'un test est "très dépendante du nombre de chiens qu'ils ont testés pour établir l'algorithme pour obtenir les bonnes réponses", dit-il. "En outre, lorsque les gens disent qu'ils utilisent 2 000 ou 200 000 SNP, la question est de savoir combien de ces SNP sont vraiment instructifs pour faire la différence entre l'une ou l'autre race, les caractéristiques de la maladie, etc.?"

Le panneau Embarquement et sagesse n'est pas parfait, mais selon le professeur de génétique clinique de l'Université Tufts, Jerold Bell, leurs recherches les élèvent au-dessus de la plupart des rivaux américains. "Je resterais fidèle à ces deux sociétés pour leur fiabilité", dit-il, "et leur capacité à répondre aux questions et à approfondir les questions sur les résultats de leurs tests."

Malade comme un chien

Otis porte un cône de honte après une chirurgie du cancer en 2016. (Photo: Russell McLendon)

Explorer l'héritage d'un cabot comme Otis peut être intéressant, mais pour de nombreux vétérinaires, les tests ADN de chien ont un rôle beaucoup plus précieux à jouer.

«Je pense que la santé animale est plus importante que de dire la race et l'ascendance», explique Giger, dont le laboratoire effectue des tests de dépistage des maladies héréditaires chez les chiens depuis 25 ans. Bell est d'accord, car le fait de savoir qu'un chien possède un certain marqueur génétique «pourrait permettre des mesures préventives qui minimisent ou éliminent la survenue d'une maladie». Les tests de race et d'ascendance, d'autre part, lui semblent «plus une nouveauté pour le propriétaire».

Pourtant, malgré une grande précision, Giger affirme que le dépistage des maladies était beaucoup plus étroit et plus coûteux jusqu'à récemment. "Il est très excitant que ces échantillons de puces SNP soient analysés et soient disponibles de manière plutôt peu coûteuse pour non seulement un test de maladie, mais plusieurs tests de maladie ainsi que la composition et l'ascendance de la race pour le même prix."

Les résultats sur la santé sont un argument de vente pour Embark, et comme mes tests plus anciens ne portaient pas sur la santé, j'étais intrigué de voir cette partie du profil d'Otis. (Wisdom Panel 2.0 est toujours réservé à la race, mais les versions plus récentes testent un petit nombre de mutations de la maladie. Pour plus, vous auriez besoin des tests vétérinaires ou d'élevage de la société.)

Tout est clair, en quelque sorte

Comme le reste de son rapport, la section santé regorge d'informations. Comme le résumé ci-dessous le montre clairement, les résultats d'Otis étaient à peu près aussi positifs que possible:

Une capture d'écran de l'aperçu de la santé d'Otis d'Embark. (Image: embarquer)

Embark teste actuellement environ 160 maladies héréditaires et Otis a été testé clairement dans tous les domaines. Ce n'est pas rare, explique Boyko, notant qu'environ la moitié des chiens qu'ils ont testés jusqu'à présent obtiennent ce résultat, et environ un tiers sont porteurs de quelques maladies.

Bien que ce soit une bonne nouvelle pour Otis, elle n'est toujours pas concluante. "Aucun chien et personne n'est génétiquement parfait", dit Giger. "Chaque chien peut avoir des mutations délétères qui peuvent entraîner chez certaines personnes une présentation de la maladie." Otis est sujet aux tumeurs cancéreuses des mastocytes, dont plusieurs ont dû être retirées chirurgicalement au cours des dernières années. Embark n'a pas encore assez de données pour le tester, mais ils y travaillent - et plus d'indices de chiens comme Otis devraient aider.

"Les tumeurs des mastocytes sont un domaine de recherche actif", explique Boyko. "Nous avons collecté des centaines et des centaines de cas de tumeurs des mastocytes, ainsi que des contrôles, et nous espérons que grâce à des enquêtes sur la santé à Embark, nous obtiendrons plus de cas de mastocytes avec des informations génétiques. Et avec des échantillons de plus grande taille, je pense que nous 'vais commencer à identifier cela. "

"Assurez-vous donc de remplir l'enquête sur la santé d'Otis", ajoute-t-il. (Je l'ai fait.) "C'était l'une des principales raisons pour lesquelles nous voulions construire Embark, parce que nous l'utilisons pour identifier des marqueurs pour toutes sortes de choses. En tant qu'universitaire, il n'y a vraiment aucun bon moyen d'obtenir une subvention de recherche qui va payer pour avoir testé des milliers et des milliers de chiens. "

Pourtant, comme pour les tests ADN humains, les résultats pour la santé comportent un risque de mauvaise interprétation. Avoir un marqueur pour une maladie ne signifie pas nécessairement qu'un chien tombera malade, par exemple, et certaines mutations qui affaiblissent une certaine race "peuvent en fait provoquer une présentation différente dans une autre race", dit Giger. "Ils peuvent provoquer des maladies dans une race et ne provoquer aucune maladie ou manifestation de maladies plus légères dans une autre." (Donc, dans ce sens, le mélange de races d'un cabot pourrait être plus qu'une simple question de curiosité.)

Pour réduire le risque de confusion, Embark évite de donner des conseils médicaux, fournit des ressources en ligne pour mettre les résultats en perspective et encourage les clients à consulter un vétérinaire. Le conseil génétique est un élément clé des tests génétiques, dit Giger, bien que lui et Bell notent que certains vétérinaires peuvent ne pas être suffisamment bien informés pour offrir une telle assistance.

Qui a peur du petit et bon loup?

Otis envisage d'ajouter plus de fruits de mer à son alimentation. (Photo: Russell McLendon)

Les résultats d'Otis offrent également quelques autres statistiques intéressantes, comme le poids adulte prévu (49 livres), l'âge génétique (57 années humaines) et le "wolfiness" (0, 6%):

"Wolfiness Score est basé sur des centaines de marqueurs à travers le génome où les chiens (ou presque tous) sont les mêmes, mais les loups ont tendance à être différents", explique Embark. "On pense que ces marqueurs sont liés à des" balayages de gènes de domestication "où les premiers chiens ont été sélectionnés pour certains caractères." La plupart des chiens de compagnie ont maintenant des scores de wolfiness de 1% ou moins, mais certains "individus particulièrement uniques" atteignent 5% ou plus.

Le poids prévu est l'un des rares résultats que je peux vérifier et c'est parfait. Cela pourrait être une chance, mais Boyko dit que ces estimations ne sont pas aussi vagues que vous ne le pensez.

«En examinant la taille du corps et d'autres facteurs, nous pouvons réellement convertir l'âge civil d'un chien en un âge équivalent pour voir où en est ce cycle de vie», dit-il. "Et du point de vue d'un généticien, il y a tellement de choses que vous pouvez prédire à partir de leur ADN, beaucoup plus que chez les humains. Il y a quelques gènes qui codent pour la taille du corps, donc nous regardons les 18 gènes différents et sur cette base, nous pouvons prédire quelle devrait être la taille du chien avec une précision de 80 à 90%. C'est beaucoup plus élevé que chez l'homme. "

Pourquoi la taille corporelle est-elle plus facile à prévoir chez les chiens? "En raison de la façon dont nous avons élevé des chiens", explique Boyko. "Seuls quelques gènes sont à l'origine de la grande majorité de cette différence, alors qu'avec les humains, il existe de nombreuses petites variantes à travers le génome."

Pourtant, malgré les nombreuses différences entre l'ADN du chien et de l'ADN humain, Boyko dit que les mégadonnées d'Embark pourraient offrir de vastes perspectives génétiques pertinentes pour les deux espèces.

"Vous pouvez avoir des chiens qui ont un marqueur génétique mais ne développent jamais la maladie génétique, alors y a-t-il une mutation compensatoire quelque part dans leurs génomes qui les empêche de contracter cette maladie?" il dit. "C'est aussi important pour la santé humaine, car les humains peuvent contracter certaines des mêmes maladies que les chiens. À côté des humains, les chiens ont des maladies génétiques plus connues que tout autre animal - et des maladies génétiques que les chiens ont, presque toutes ont des humains analogues troubles. "

Beaucoup à mâcher

Otis a un os à choisir avec l'idée que son «wolfiness» n'est que de 0, 6%. (Photo: Russell McLendon)

Je n'ai toujours pas couvert toutes les informations qu'Embark a révélées sur Otis. Il y a deux sections sur l'ascendance, par exemple, décrivant à la fois sa lignée maternelle et paternelle. Il existe une liste de mutations pour des traits tels que la couleur du pelage, les marques faciales, la longueur du museau et la perte, entre autres. Il existe une carte codée par couleur du mélange de races par chromosome. Et une section de son profil est également remplie de photos d'autres chiens "qui ont un ou plusieurs pourcentages de race similaires à Otis", avec des liens vers les profils Embark de ces chiens.

Finalement, dit Boyko, Embark pourrait même aider à reconnecter les chiens avec leurs frères et sœurs - en supposant qu'ils ont tous des profils Embark. "Quelque chose comme un chercheur relatif est certainement quelque chose que vous pouvez faire avec la technologie génétique", dit-il. "C'est en fait quelque chose sur lequel nous travaillons, mais nous ne l'avons pas encore déployé."

Il y a aussi plus de résultats en termes de santé et de traits dans le développement, ajoute-t-il, "ainsi que d'autres choses que nous ne pouvons pas prévoir parce que la recherche n'a pas encore été effectuée".

Embark est censé être une relation à long terme, mettant à jour ses résultats et services au fil du temps, tout comme 23andMe le fait pour les humains. Il en coûte 200 $, ce qui est plus que les tests de consommation comparables de Wisdom Panel, mais il donne également plus de détails en retour.

Quel que soit le test ADN que vous choisissez, vous participez à ce que Bell considère comme l'avenir personnalisé des soins de santé, tant canins qu'humains. "La capacité de tester plusieurs gènes de maladie dans un test de panel est très importante", dit-il, "et à mesure que ces tests de panel évolueront (comme chez les humains), ils deviendront une partie importante de l'histoire de la santé et de la gestion médicale du chien. . "

Otis, quant à lui, est parfaitement inconscient. Alors que j'examine les rapports sur ses marqueurs génétiques pour la couleur du pelage et la longueur du museau, il ronfle bruyamment depuis le canapé.

C'est un peu bizarre d'en savoir autant sur l'ADN d'Otis, d'autant plus qu'il ne sait même pas ce qu'est l'ADN. Pourtant, je suis heureux d'avoir toutes ces informations - à la fois parce que cela pourrait éventuellement profiter à la santé des chiens en général, et parce que cela m'a déjà aidé à me souvenir de la chance que j'ai de connaître cette étrange créature dormant sur mon canapé.

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